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23-03

Gut Microbes | 基于宏基因组发现猕猴肠道中的大量微生物新基因组

基于宏基因组组装普通猕猴（Macaca mulatta）肠道微生物基因组对于理解其作为重要的非人灵长类模式动物具有重要意义。近日，四川大学生命科学学院研究团队基于慢性腹泻猕猴和健康猕猴的粪便宏基因组数据对微生物基因组进行了组装，获得了731个MAGs（Metagenome-assembled genomes），其中678个MAGs属于与其它非人灵长类MAGs不同的菌株，354个属于在其它非人灵长类MAGs中未发现的独特物种。进一步分析发现腹泻猕猴肠道中弯曲杆菌和螺杆菌科MAGs的毒力基因富集在鞭毛相关基因和趋化性相关基因中，与从人类肠道中分离出的菌株具有显著差异。本研究为丰富非人灵长类肠道微生物基因组资源、理解慢性腹泻的病理机制提供了重要参考。···
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23-03

项目文章| 转录组测序联合数据库分析揭示DBT调控透明细胞肾细胞癌的作用机制

肾细胞癌（RCC）是泌尿系统常见的恶性肿瘤，约占肾癌的90%。透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是肾细胞癌的主要病理亚型，约占肾细胞癌的70%。目前，ccRCC的治疗主要是基于手术与靶向药物相结合。然而，早期诊断的困难、靶向药物的耐受性和患者生存率的巨大波动是ccRCC 面临的挑战。最近，研究发现Hippo通路改变肿瘤代谢，促进肿瘤进展。本研究旨在确定ccRCC中代谢重编程和Hippo通路的关键调控因子，并为ccRCC患者确定潜在的治疗靶点。百易汇能生物在本研究中承担了测序分析工作。···
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23-03

成功案例|全基因组重测序揭示了绵羊的群体遗传基础

绵羊作为最早驯化的食草动物之一，仍然是人类所需肉类、羊毛、牛奶的重要来源。绵羊最初是由8000-11000年前从新月沃地发现的野生绵羊物种中驯化来的，驯化后，绵羊的分布范围扩大，从而适应不同的气候环境，形成具有不同表型的品种。然而，关于绵羊驯养和改良诱导表型变异的遗传机制信息有限。在本研究中，为了探索基因组水平上的基因组多样性和选择区域，作者对10个品种的100只绵羊的基因组进行了测序，并将这些结果与225个绵羊个体公开基因组的数据相结合，旨在确定绵羊在驯化和改良过程中选择的重要基因组区域和分子标记。···
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23-03

成功案例|宏病毒组测序揭示系统性红斑狼疮患者肠道病毒组的改变

系统性红斑狼疮（SLE）是一种典型的自身免疫性疾病。最近的研究结果发现，肠道微生物群与SLE相关，甚至可能是SLE的诱导因素之一。此外，肠道病毒体也可以通过免疫系统直接影响身体的健康。因此，了解疾病过程中肠道病毒体多样性和结构的变化对于探索疾病的潜在发病机制至关重要。为了确定系统性红斑狼疮患者肠道病毒体的变化，作者收集了16名SLE患者和31名健康受试者的粪便样本，基于大量宏基因组学和宏病毒组的测序数据，比较了SLE患者和健康个体的病毒组成，并研究了病毒和细菌之间的关系。基于肠道病毒组的探索，更好地了解SLE的病因和发病机制，将有助于制定新的预防和治疗策略。···