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22-11

16s+代谢组联合分析食粪行为可改善盲肠免疫微环境

食粪行为是动物以粪便为食包括以自己的粪便和其他动物的粪便为食，以满足自身营养需求。越来越多的研究报告表明，粪便对兔的生长发育和免疫调节具有重要意义。该研究采用高通量测序技术和气相色谱-质谱仪（GC-MS）对伊普吕兔软硬粪便的盲肠内容物、微生物多样性、SCFAs和细胞因子进行分析。随后，通过对家兔的共粪性预防治疗，验证了软性粪便对盲肠免疫微环境的影响，不仅可以帮助家兔获得更多的益生菌和SCFAs，而且对改善盲肠免疫微环境具有重要作用，为筛选在调节家兔生长发育和免疫功能中发挥重要作用的关键微生物群及其代谢物提供基础。百易汇能生物在本研究中承担了测序分析工作。···
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22-11

WGBS+RNA-seq联合分析揭示尿路上皮癌的表观基因组特征

尿路上皮癌（UCs）是起源于尿路上皮的一种多源性的恶性肿瘤，膀胱尿路上皮癌（UCB）占UCs的90-95%，而上尿路上皮癌（UTUC）并不常见，占UCs的5-10%。尽管基因组研究显示UTUC和UCB之间体细胞改变的发生率存在显著差异，但UTUC和UCB之间表观遗传差异和临床相关性仍然未知。越来越多的证据表明，DNA甲基化与UCB患者的肿瘤进展密切相关。在本研究中，作者研究了UTUC和UCB的表观基因组特征，进一步确定了DNA甲基化亚型，以探索肿瘤的潜在风险分层。研究结果显示了UTUC和UCB中类似的潜在DNA甲基化机制，有助于理解UC的病理生理学，并为不同的UC亚型提供预后评估策略和更个体化的治疗建议。···
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22-11

项目文章|16s测序助力腹泻小鼠肠道微生物研究

腹泻是一种伴有胃肠道功能障碍的严重疾病，对牲畜的生育率、产奶量和免疫力有巨大的影响。肠道微生物群的失衡被普遍认为是导致腹泻的主要原因，且许多研究发现，动物腹泻的肠道微生物群发生了变化。在本研究中，作者以小鼠的血清、小肠、直肠为研究对象，通过16s测序+qRT-PCR分析，发现乙酸钠/丁酸钠可以通过增加有益菌和减少病原体来减轻LPS诱导的小鼠腹泻，并可通过NLRP3/Caspase-1信号通路调节氧化损伤和炎症反应。该研究结果可为腹泻的预防和治疗提供一定的见解。···
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22-10

宏基因组测序助力猪肠道微生物基因组的构建

作者利用本研究中进行宏基因组测序的500个样本以及数据库中的287个猪肠道宏基因组数据，建立了猪肠道微生物组的基因目录（PIGC），覆盖了1724万个90%同源蛋白，构建了6339个微生物基因组。通过Binning分箱，获得了6339个宏基因组组装基因组（MAGs），聚类到2673个种水平基因组分箱中（SGBs），其中86%（2309个SGBs）根据现有数据库是未知的。利用目前的基因目录和MAGs，作者发现野猪和杜洛克猪肠道微生物群之间在菌株水平存在明显差异，这主要得益于基因组的完善。因此，通过宏基因组测序及Binning分箱构建的PIGC和MAGs为猪肠道微生物群相关的研究提供了广泛的资源。···