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22-10

病毒宏基因组学揭示腹泻儿童粪便中的多种病毒

在东南亚和撒哈拉以南非洲等非工业化国家，腹泻病是导致5岁及以下儿童死亡的第三大原因。由病毒性感染引起的儿童腹泻仍然是发展中国家的一个主要公共卫生问题。已经确认可导致腹泻的病毒包括人类腺病毒（HAdV）、诺如病毒（NoV）、沙波病毒（SaV）、人类星状病毒（HAstV）、轮状病毒、细小病毒和小核糖核酸病毒。本研究中，作者通过病毒宏基因组测序分析了腹泻儿童粪便样本中的病毒群落，发现除了那些已被证实会导致人类腹泻的相关病毒外，还发现了与腹泻无关的病毒，包括指环病毒和小双核糖核酸病毒。本研究增加了对腹泻儿童粪便病毒组的了解，为病毒性腹泻的预防和治疗提供了有价值的信息。···
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22-10

真菌de novo测序+RNA-seq联合分析揭示SA对尖孢镰刀菌的抑制机制

由尖孢镰刀菌引起的马铃薯枯萎病和干腐病是马铃薯生产的全球性挑战。植物激素水杨酸（SA）在激活植物抗病系统中起着至关重要的作用。但是SA作为一种靶向植物病原体的生物杀菌剂的分子机制尚不清楚。本研究从马铃薯干腐病中分离尖孢菌进行了de novo测序，获得了基因组信息。RNA-seq分析表明，SA在体内通过激活FoSNF1来抑制FoTOR复合物1（FoTORC1）。受FoTOR1和FoSAH1干扰的转基因马铃薯植株抑制了菌丝的侵袭性生长，并显著抑制了枯萎病的发生。本研究揭示了SA对尖孢镰刀菌的抑制机制，并为SA通过靶向病原体FoSNF1-FoTORC1通路控制多种真菌疾病提供了思路。···
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22-10

甘蓝型油菜YUCCA基因家族的全基因组鉴定和表达谱分析

黄素单加氧酶（YUCCA，YUC）介导的色氨酸依赖途径中的诱导-3-丙酮酸（IPA）途径是生长素的主要合成途径，YUC家族催化的酶促反应是内源性生长素生物合成的限速步骤。2022年8月1日，由华中农业大学涂金星教授团队与四川农业科学院合作完成的研究在甘蓝型油菜全基因组水平上鉴定了限速酶（YUC）编码基因。分析了BnYUC基因家族的染色体分布、进化关系和基因结构，并研究了BnYUC基因的表达谱。BnYUC一个新的进化亚类（CladeI-C）可能在生长发育和应激反应中发挥作用，而BnYUC成员可能以明确的工作分工和冗余功能发挥作用。这些发现有望为进一步研究BnYUC的功能奠定基础。百易汇能生物协助客户完成了此次文章的发表。···
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22-09

PacBio+HIC+群体基因组分析揭示甜玉米的进化和起源

甜玉米（Zea mays L.）是淀粉生物合成途径相关基因突变的结果。由于长期对甜玉米和大田玉米（非甜玉米杂交种）不同性状的选择，推测甜玉米基因组与先前组装的大田玉米基因组有很大不同。本研究通过流式细胞术、PacBio、Hi-C、RNA-seq等技术，获得了一个高质量的甜玉米参考基因组。通过对Ia453-sh2与大田玉米基因组的比较分析，确定了Ia453-sh2的结构和遗传变异。通过系统发育分析，揭示了大刍草、地方品种、甜玉米和田间玉米不同品系之间的遗传关系。通过群体基因组分析确定了被选择的基因组区域和与甜玉米性状相关的候选基因，为甜玉米的比较基因组学、功能研究和基因组辅助育种提供了重要的资源。···