公司动态

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23-01

干货分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测

本篇文章给大家推荐2个网站，用于对动物、植物转录组因子（TF）、转录因子结合位点（TFBS）的预测。动物篇可使用数据库 AnimalTFDB(3.0)对动物转录因子进行分析，数据库链接如下：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/，植物篇可使用数据库 PlantTFDB(5.0)对植物转录因子进行分析，数据库链接如下：http://plantregmap.gao-lab.org/index.php。转录因子也称反式作用因子，在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用，已成为现在生物学研究领域的热点，其功能分析是重要的研究内容之一。···
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23-01

DNBelab C4单细胞平台助力自闭症新机制的研究

星形胶质细胞（Astroglia），是哺乳动物脑内分布最广泛的一类细胞，也是胶质细胞中体积最大的一种。带有bHLH结构的转录因子能够通过转录激活或抑制作用，调控多能神经干细胞向神经元和少突胶质细胞的命运决定。本研究中作者采用scRNA-seq和染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）确定异常星形细胞胶质形成和皮质发育背后的细胞和分子变化。共培养试验进一步表明，Npas3缺陷的星形胶质细胞生成诱导野生型神经元的突触缺陷。最后，特异性敲低野生型小鼠皮层中星形胶质细胞的Npas3后，小鼠表现出自闭症样相关的形态和行为异常。以上研究结果证明了NPAS3在皮质星形胶质细胞发育和星形胶质细胞-神经元通信中的功能，强调了星形胶质细胞功能障碍与ASD发病机制之间的关联，为研究神经发育障碍疾病的机制带来了全新视角。···
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22-12

干货分享| 转录组个性化分析(4)——蛋白互作分析

在进行数据挖掘的时候往往会得到很多的差异表达的基因，当你对着一堆基因毫无头绪时，此时PPI数据库对你的数据挖掘起了很大的助攻作用。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。在生物医药领域有助于从系统的角度研究疾病分子机制、发现新药靶点等等。···
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22-12

项目文章（IF=7.31）| 转录组测序揭示食粪行为对新西兰白兔繁殖性能的调控机制

食粪行为是中小型食草动物对低质量食物的一种营养适应策略。前期研究结果显示，CP（禁止食粪行为）引起家兔盲肠内容物微生物群的改变，肝脏脂质代谢降低，影响生长性能。但是食粪行为对宿主繁殖性能的影响机制尚不清楚。该研究转录组分析显示，CP处理后，GO分析显示差异基因主要富集在转运功能和生殖功能相关通路中。此外，KEGG结果显示，CP处理可激活炎症相关信号通路，下调紧密连接蛋白相关基因的表达水平。同时，Western Blot进一步证实了KEGG的检测结果。简而言之，食粪行为是一些小啮齿动物的重要生存策略，禁止食粪行为会影响身体的炎症水平，改变身体的氧化应激水平，然后激活NOX4-ROS-NF-κB通路，增加粘附蛋白ICAM-1和VCAM-1的表达水平，导致子宫上皮屏障的损伤，进而影响兔子的繁殖性能。···