IF=10.1|跨物种 SV 分析在加速现代技术对农场动物性状改良的可行性
家养动物或农作物在与其野生祖先分化时会经历类似的表型转变,这种现象被称为“驯化综合征”。例如,与野生祖先相比,家畜在行为(如驯化)、形态(如被毛颜色)和生产(如高繁殖力)等方面的性状都具有各种类似的表型。然而,在驯化和随后的遗传改良过程中,驱动物种间趋同进化的遗传变化仍不清楚。绵羊和山羊经过驯化和改良,产生了相似的表型,而结构变异 (SV) 对其影响很大。在这里,作者组装了亚洲盘羊 (Ovis orientalis)(绵羊的野生祖先)的高质量参考基因组。并利用全世界范围内野生和家养绵羊和山羊种群的879个全基因组重测序数据解析了迄今为止最全面的绵羊属和山羊属SV景观。基于该数据集,作者利用 SV 对哺乳动物的趋同进化进行了全面研究。作者筛选了基因组 SV 和相关基因在驯化和重要农艺性状改良过程中的选择特征,还测试了 SV 从野生近缘种到家养种群的遗传渗入,并评估了 SV 对开放染色质(ATAC-seq)和环境适应的影响,以揭示趋同进化背后的遗传特征。···