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23-07

联合分析专题--动物篇（1）！！带你了解微生物多样性+代谢组联合分析在农学中的研究思路-动物篇

微生物多样性测序是基于高通量技术对特定基因序列进行测序，能同时对样品中的优势物种、稀有物种以及些未知的物种进行检测。获得样品中的微生物群落组成以及它们之间的相对丰度。探讨微生物多样性对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源的利用有着重要的理论和现实意义。16S rDNA是细菌基因组中编码核糖体RNA（rDNA）的DNA序列，不同种属细菌的16S rDNA序列之间存在一定的差异，可以用于检测和鉴定各种不同的致病菌，在微生物群落的系统进化与分类研究中也具有重要作用。 代谢组学是生物体被扰动后（如基因改变或环境改变），通过对生物体内所有小分子代谢物进行定性定量分析，发现其代谢物种类/数量及其变化规律，并寻找代谢物与生理病理变化相对关系的科学。通过对比实验组和对照组的代谢产物来寻找有意义的差异代谢物。 整合微生物多样性与代谢组学数据，可以揭示菌群与代谢物之间的相关性，筛选存在差异的关键菌株。本文分享三篇农学领域联合分析的文章（动物篇），以供参考。···
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23-07

联合分析专题（6）！！带你了解单细胞转录组+空间转录组联合分析在医学方向的研究思路

单细胞转录组测序是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术，可以研究单个细胞内的基因表达情况，同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题，让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。空间转录组技术是结合成像、生物标记、测序及生物信息学等工具对组织切片的基因表达进行空间定位的一项技术，可揭示各细胞类型在组织中的空间分布、各细胞群体间的相互作用以及绘制不同组织区域的基因表达图谱，对于理解疾病和癌症的发生机制具有深远的应用价值。目前scRNA-seq将每个转录物与单个细胞相关联，但关于这些转录物在组织中的位置信息丢失了；相反的，空间转录组学技术能获取转录物表达空间信息，却丢失了单个细胞异质性。因此，综合两种技术可实现将不同单细胞的亚群进行空间定位，对空间转录组的位置区域进行细胞类型注释。···
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23-07

联合分析专题（5）！！带你了解转录组+表观遗传联合分析在医学方向的研究思路

表观遗传学又译为表征遗传学、拟遗传学、表遗传学、外遗传学以及后遗传学，在生物学和特定的遗传学领域，其研究的是在不改变DNA序列的前提下，通过某些机制引起可遗传的基因表达或细胞表现型的变化。针对表观遗传研究的技术有我们常见CHIP-seq、ATAC-seq、meRIP-seq等。转录组是研究功能基因的利器，通过转录组测序可以得到大量差异基因和众多调控网络，围绕转录组开展的多组学分析策略已是多种类型高分文章的必备“法宝”。但是单一的转录组难以确定关键途径，也无法鉴定控制关键途径的结构。通过表观遗传学与转录组联合分析，可以实现表观层面的变化对基因的调控模式···
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23-07

成功案例|单细胞转录组测序揭示EBV阳性与鼻咽癌不同的肿瘤异质性和免疫景观有关

鼻咽癌（NPC）是一种起源于鼻咽上皮细胞的肿瘤。EB 病毒 (EBV) 感染是NPC的主要致病因素，EBV血清阳性/血液阴性可能代表疾病的两种亚型，然而EBV血清阳性的内在特征尚未表明。一些临床试验已经证明免疫检查点抑制剂 (ICI) 在晚期 NPC 患者中具有抗肿瘤作用。然而，免疫疗法的客观反应率并不理想，只有20-30%左右，还有研究表明具有较高基线EBV DNA的患者从抗PD1免疫疗法中获益较少，但潜在机制仍不清楚，因此，更好地了解 EBV DNA血清阴性/阳性间的TME异质性对于未来合理制定最佳免疫治疗策略至关重要。···